El gran tema que plantea es la discontinuidad en la historia, es decir, la transformación, el establecimiento de fenómenos de rupturas: "Por debajo de las grandes continuidades del pensamiento, por debajo de las manifestaciones masivas y homogéneas de un espíritu o de una mentalidad colectiva, por debajo del terco devenir de una ciencia que se encarniza en existir y en rematarse desde su comienzo, por debajo de la persistencia de un género, de una forma, de una disciplina, de una actividad teórica, se trata ahora de detectar la incidencia de las interrupciones".

Escrito siguiendo el legado de Marx y Nietzsche, La arqueología del saber es un texto polémico y a la vez riguroso, que ensaya la búsqueda de herramientas teóricas para pensar una historiografía que priorice los instantes de quiebre, de mutación, por sobre las continuidades, los grandes panoramas y las verdades ahistóricas. Michel Foucault pone el ojo en esos momentos en que aparece lo nuevo, el cambio radical. Y en ese sentido, éste es un libro profundamente pedagógico: dirigido a historiadores, filósofos y cientistas sociales, encierra una enseñanza epistemológica acerca de cómo distinguir y describir las rupturas, los elementos emergentes que subyacen en toda formación social.